Genes & proteins names
در مطالعاتی که نام پروتئین‌ها و ژن‌ها مطرح می‌شود مهم است که نامگذاری صحیح و استاندارد استفاده شود تا هم داورها و هم خوانندگان مقاله دچار ابهام نشوند.
همیشه از نام‌ها و علائم و اختصارات استاندارد ژن‌ها استفاده کنید.
نام استاندارد ژن‌ها از پایگاه‌های زیر قابل دریافت است
نام و اختصارات استاندارد ژن‌های انسانی www.genenames.org
نام و اختصارات استاندارد ژن‌های موش صحرایی (رت) rgd.mcw.edu
نام و اختصارات استاندارد ژن‌های موش خانگی www.informatics.jax.org
نام و اختصارات استاندارد ژن‌های زبرافیش zfin.org
✅بطور کلی، علائم اختصاری ژن‌ها باید به صورت ایتالیک(IGF1) نوشته شود ، درحالیکه علائم اختصاری پروتئین‌ها باید غیر ایتالیک (IGF1) نوشته شود. علائم اختصاری مربوط به RNA و cDNA ژن‌ها نیز همانند ژن‌ها نوشته می‌شود.
✅وقتی نام ژن بصورت کامل نوشته می‌شود (و نه با استفاده از علائم یا اسم اختصاری) باید بصورت غیر ایتالیک نوشته شود.
✅همیشه بهتر است وقتی برای اولین بار ژنی را نام می‌برید، اسم کامل آن را بنویسید و در پرانتز علامت اختصاری آن را ذکر کنید ( huntingtin gene (HTT) ) خصوصا اگر مقاله‌تان در ژورنالی عمومی چاپ می‌شود.
✅علاوه بر نحوه نوشتار صحیح علائم ژن‌ها و پروتئین‌ها، گاهی بهتر است که ذکر کنید در مورد ژن صحبت می‌کنید یا پروتئین، بعنوان مثال جمله زیر را ببینید
We quantified APOE gene expression and APOE protein levels . . .
همچنین می‌توانید در مقاله خود کلمه expression را به ژن و کلمه level را به پروتئین اختصاص دهید و در کل متن این قانون را رعایت کنید.
اصول خاص هر ارگانیسم
✅انسان، پریمات‌های غیر انسانی، مرغ
علامت اختصاری ژن به صورت سه حرفی یا شش حرفی بوده و تماما با حروف بزرگ و ایتالیک نوشته می‌شود (AFP). علامت اختصاری ژن می‌تواند ترکیبی از حروف و عدد(1,2,3,…) باشد، ولی همیشه باید با حرف شروع شود. اصولا اعداد رومی و حروف یونانی در علامت اختصاری ژن‌ها وجود ندارد. علامت اختصاری پروتئین‌ها نیز همانند ژن‌هاست با این تفاوت که بصورت غیر ایتالیک نوشته می‌شود (AFP).
✅موش خانگی و موش صحرایی
علامت اختصاری ژن ایتالیک است، ولی فقط حرف اول آن بزرگ نوشته می‌شود (Gfap). علامت اختصاری پروتئین در موش خانگی و صحرایی بصورت غیر اتیالیک و تماما با حروف بزرگ نوشته می‌شود (GFAP).
✅ماهی
برخلاف اصول کلی گفته شده، نام کامل ژن‌ها در ماهی بصورت ایتالیک و تماما با حروف کوچک نوشته می‌شود (brass). علامت اختصاری ژن نیز ایتالیک است و تماما با حروف کوچک نوشته می‌شود (bra). نام اختصاری پروتئین غیر ایتالیک است و فقط حرف اول آن بزرگ نوشته می‌شود (Bra).
✅باکتری‌ها
نام اختصاری ژن‌های باکتریایی بصورت معمولا از سه حرف تشکیل شده و بصورت ایتالیک و کوچک نوشته می‌شود. این سه حرف مخفف مسیر متابولیک یا فرایندی هستند که ژن در آن دخیل است (rpo علامت اختصاری ژن RNA Polymerase است). برای مشخص شدن آلل‌های مختلف یک ژن باکتریایی، بعد از علامت اختصاری سه حرفی یک حرف بزرگ قرار می‌گیرد (rpoB). علامت اختصاری پروتئین‌های باکتریایی بصورت غیر ایتالیک نوشته می‌شود و حرف اول باید بزرگ باشد (RpoB).
✅در هر صورت به یاد داشته باشید که حتما بخش guidelines for authors ژورنال مورد نظر خود را بخوانید تا اگر نحوه نوشتن نام اختصاری ژن‌ها و پروتئین‌ها را متفاوت بیان کرده، بر اساس آن عمل کنید.
منبع: NCBI, genenames.org, informatics.jax.org
